マグネシウムはヒトの生命時にも必要は元素です。
主に細胞構造の維持やたんぱく質の合成、その他のエネルギー代謝に関する生体機能の必須な元素であり、マグネシウムの欠乏は虚血性心疾患の原因の一つといわれています。
体内では主に骨の表面近くにマグネシウムイオンとして保存され、代謝が不足した場合にはカルシウムイオンと置き換わり、マグネシウムが体内に補充されます。

なお、マグネシウムを過剰に摂取すると下痢を起こします。クエン酸マグネシウムなどは大腸検査のときの下剤として使われているもので、便秘の不快症状を緩和する目的の下剤としては酸化マグネシウム（通称カマ）が投与される場合があります。

豆腐を作るときの凝固剤であるにがり（海水から食塩を生成する際に塩化ナトリウムを取り除いた後に残る液体）も、主成分はマグネシウム塩ですが、ダイエットブームにより、にがりの過剰摂取で高マグネシウム血症を引き起こし、死亡した事例もあるため、安易な過剰摂取は十分注意する必要があります。